一、辦公室
負責處理機關行政事務和系統(tǒng)黨建、組織人事、宣傳、教育工作。負責政務信息收集整理，文稿起草、審核、收發(fā)、組織起草重大綜合性報告和總結材料；負責來人接待和總務、后勤服務管理；負責離退休干部服務工作；負責勞動工資、社會保障和文書、人事檔案管理工作；組織承辦機關、事業(yè)單位工作人員年度考核、評比、獎懲。
二、財務資產科
負責所屬單位財務和資產管理工作。負責系統(tǒng)的財務指導、協(xié)調、服務、管理和監(jiān)督；負責編制機關收支預算和政府下達預外資金的收繳；負責全系統(tǒng)會計、統(tǒng)計報表的匯總和財務、統(tǒng)計分析工作；負責社員股金的清理、整頓和管理工作；承辦資產評估、重組、租賃、轉讓的有關事項；負責機關物業(yè)管理。
三、監(jiān)察審計科
負責所屬單位的紀檢、監(jiān)察、審計和來信來訪工作。負責本系統(tǒng)黨員干部黨紀、政紀、法紀教育和違法、違紀案件的查處工作；指導全系統(tǒng)學法、用法、守法，開展警示教育，加強行風建設；負責系統(tǒng)內部財務審計、企業(yè)負責人任期及離任審計、改制清盤審計和政府指定的專項審計。
四、市場指導科
負責全系統(tǒng)的為農服務工作，積極參與社會主義新農村建設。指導企業(yè)積極做好農藥、化肥和種子的供應工作，協(xié)助凈化農業(yè)投入品市場；負責構建農村現代連鎖經營服務網絡，對興辦為農綜合服務社進行指導、協(xié)調和服務；負責指導農民合作經濟組織和農副產品生產基地的建設，擴大農副產品購銷，參與推動農業(yè)產業(yè)化。
五、綜合管理科
負責所屬企業(yè)改革和開放辦社的指導工作，提供政策協(xié)調服務；負責系統(tǒng)內工業(yè)企業(yè)技改、新產品開發(fā)、產品質量、計量設備、環(huán)保、節(jié)能等管理；負責安全生產、保險、創(chuàng)建、考核評比、綜合治理工作；負責全系統(tǒng)外經、外貿、招商引資的組織協(xié)調及項目立項核批上報工作；負責系統(tǒng)內集體商業(yè)的指導、協(xié)調、監(jiān)督和管理工作。